Законом не исключена ситуация, когда вы покупаете квартиру у своего отца за счёт средств материнского капитала. Ограничений в описываемой вами ситуации закон не накладывает. Регистрация ребенка значения не имеет, так как материнский капитал тратится на улучшение жилищных условий семьи, а не ребенка.
Однако, ответить квалифицированно и достоверно в вопросах касающихся жилья невозможно без изучения ваших документов. Обратитесь для консультации к специалистам Пенсионного фонда (обязательно со всеми документами).
Что касается сроков, то подать заявление на распоряжение средствами материнского капитала можно в любое время после получения сертификата на материнский капитал только в случае погашения кредита на улучшение жилищных условий. В остальных случаях направления средств материнского капитала на улучшение жилищных условий подать заявление можно по истечении 3 лет с момента рождения ребёнка.
С уважением, юрист Ивченко Маргарита.